DMol3-学术百科-知网空间
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采用DMol3程序对顺式环氧琥珀酸(ESA)的结构和相关性质(振动频率、热力学性质、反应活性及稳定性)进行了理论研究.得到了分子的几何优化构型和各原子上的电荷分布以及前线分子轨道
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Using a linear scaling self-consistent-charge density functional tight binding (SCC-DFTB)
选用Gaussian03的B3LYP/6-31G(d,p)、DMol3的BLYP/DNP和deMon的BLYP/TZVP等方法计算了甲烷水合物(结构-1)中平面五元水分子簇的结合
由于精胺（ｓｐｅｒｍｉｎｅ）能特异地刺激哺乳动物ｔＲＮＡ~（Ｉｌｅ）的氨基酰化，本文用纯化的牛肝ｔＲＮＡ~（Ｉｌｅ）观察了精胺和Ｍｇ（２＋）对ｔＲＮＡ~（Ｉｌｅ）ＣＤ光谱的影响。
采用广义梯度近似(GGA)密度泛函理论(DFT)的PW91方法结合周期性模型,在DNP基组下,利用Dmol3模块研究了CO和H2在真空和液体石蜡环境下在Cu(111)表面上不同位
目的 分析COL4A5基因不同点突变后的蛋白结构,探讨基因突变对编码蛋白二级结构的影响及与表型的关系。方法 以临床确诊的2例X连锁遗传型Alport综合征患者为研究对象,他们的基
利用太赫兹时域光谱(THz-TDS)技术对3种苯基脲类除草剂,敌草隆、伏草隆、绿麦隆的标准品分别进行光学参数的测试,获得样品在有效THz波段范围的折射率谱和吸收谱.实验结果发现,
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<font color="#0-
<font color="#0-Dmol3计算周期性体系振动频率时k点的设置问题 - 实验交流 - 生物秀
标题: Dmol3计算周期性体系振动频率时k点的设置问题
摘要: [Dmol3计算周期性体系振动频率时k点的设置问题] 本人用Dmol3做过渡态，当时勾选了frequency，但计算后outmol里只有+++ Entering Vibrations Section +++Message: Entering vibrations sectionHarmonic frequencies will be compute 关键词:[对称性 周期性 过渡态 矩阵 密度]……
本人用Dmol3做过渡态，当时勾选了frequency，但计算后outmol里只有
+++ Entering Vibrations Section +++
Message: Entering vibrations section
Harmonic frequencies will be computed by finite differences.
Number of displacements per atom is: 2
Step size for finite differences is: 0.010000 Bohrs
Message: License checkin of MS_dmol successful
Message: License checkin of MS_dsolid successful
Message: DMol3 job finished successfully
并且，在outmol前端也有
Warning: Input k points are used for computing vibrational frequencies
They must contain full non-symmetrized set for vibrations, no check is applied
Warning: kpoints file must contain full - non-symmetrized set for vibrations, no check is applied
现在我想单独算振动频率，input文件盒kpoint文件如下：
# Task parameters
Max_memory
# Electronic parameters
Spin_polarization
unrestricted
Pseudopotential
Functional
Aux_density
Integration_grid
Occupation
thermal 0.0050
Cutoff_Global
5.1000 angstrom
Scf_density_convergence
Scf_charge_mixing
Scf_spin_mixing
Scf_iterations
# Kpoint definition file (intervals/offset):
file 1 1 10 0.0 0.0000
g-TS-fre.kpoints
# Calculated properties
Frequency_analysis
————————————————————————————
$reciprocal sampling points and weights
0. 0. 0. 0.
0. 0. 0. 0.
0. 0. 0. 0.
0. 0. 0. 0.
0. 0. 0. 0.
0. 0. -0. 0.
0. 0. -0. 0.
0. 0. -0. 0.
0. 0. -0. 0.
0. 0. -0. 0.
这个还是算不了，提示语与找过渡态是一样，请问所谓full-non-symmetrized是什么？具体怎么添加？回复Dmol3里面，计算频率时，需要把对称性去掉。在菜单栏选择build-crystal-rebuild crystal 然后选择对称性为P1 就是编号为1然后确定，此时体系的对称性已经改为P1对称性 这时就可以做频率计算了。回复
Dmol3里面，计算频率时，需要把对称性去掉。在菜单栏选择build-crystal-rebuild crystal 然后选择对称性为P1 就是编号为1然后确定，此时体系的对称性已经改为P1对称性 这时就可以做频率计算了。 嗯 谢谢回复 我检查过对称性，已经是P1了,.car和.input文件中也没有关于对称性的设置...不过问题应该是出在对称性，就是不知道怎么改...之前结构优化的时候也遇到一个对称性的问题，在勾选优化超胞的前提下，如果不勾symmetry，超胞会变形，勾上symmetry，会提示密度矩阵无法对称化，然后任务失败，可我在自己电脑上勾上symmetry运行（服务器上装的5.5，自己电脑装的5.0），却没有出现这个问题...搞不懂...
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关于Dmol3优化过渡态搜索问题
各位好，最近一直再用dmol 搜索过渡态，但是遇到好多的问题，我是算的有机小分子在金属表面上氧化反应机理，
1，首先我用DMOL来优化反应物在金属表面的稳定的吸附构型，但是老是计算出现错误，提示如下：
Error: SCF iterations not converged in& &50 iterations& && & DELTE =&&-5.000E-003
Message: SCF not converging. Choose larger smearing value in DMol3 SCF panel
or modify/delete &Occupation&&Thermal& in the input file.
You may also need to change spin or use symmetry.
Resubmit DMol3.
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
后来没办法只好用Castep 算出有机分子在pt（111）面上的结构优化后的构型，结果发现构型基本上就没大变化，但是也能算出来吸附能，不知道我这样算是否合适，能不能保证是最稳定的吸附位？
2，然后我再将反应物和产物进行原子配对，配对之后用DMOL 来搜索过渡态，结果一直出现不收敛，一直出下面提示；
& &Message: DMol3 job failed
& &Error: DMol3 exiting
& &Error: SCF iterations not converged in&&100 iterations
我改变那个迭代次数改到了400还是出现上面的提示，一直是不收敛的。我把我建立的模型都在附件里面呈现了，请问各位大侠，能不能给在下提一些意见，被这些问题困惑了好长时间了，在线等热心人帮助。我们这边没有用DMOL计算的，老师也不是搞这个的。全是靠一个人在小木虫上寻求帮助。期待好心人。。
我把outmol文件上传了，麻烦你能帮着看一下。再次感谢
这是出错的outmol，麻烦你给看一下谢谢
谢谢你，那我就把迭代次数调大一些试试，你说还有可能是我的k点或者smearing 数值设的不对麽?我也是看的一个文献上数值参考了一下，但是吸附的有机物不一样，想问一下smearing最大能设多大，
你的问题不仅仅只是调大迭代步数，重点在于前面的问题，否则算出来的结果都是错的。
你确定文献上的一定是对的？一般希望smearing尽可能小，而不是尽量希望大，使得输出文件的kTeS项忽略不计，一般这个忽略不计按照VASP程序手册认为是0.1meV/atom的大小。能量计算在使用了smearing也应该取外推到0K的binding energy。
电子自洽收敛困难的解决方式很多，smearing可以解决，但是其初衷并不是为了这个，并且会影响到能量的计算。
一般难收敛的情况可以调整charge mix和DIIS，使得计算的收敛趋势和收敛速度达到平衡。通常调整这两项就足以解决大部分问题。其他的只能是特殊情况特殊处理。
老师不做指导，让学生做，对这种情况特别反感。尤其是硕士生，未必有那么好的判断力。对这种情况超头疼。
非常感谢你的指导，那我就从你提的那几个方面试试吧，万分感谢，不过没办法给你金币呀！你能不能给我你的求求号，或者为了保护你的隐私我把求求号留下你加上我吧日后有问题还得有劳你呢，我的求求号是
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几何结构优化 单击此处编辑母版副标题样式单击此处编辑母版副标题样式
各类性质的模拟
过渡态搜索
动力学计算动力学计算 DMol3 概述 DMolDMol3
可以模拟气相可以模拟气相、溶液溶液、表面及固体等过程表面及固体等过程
及性质，应用于化学、材料、化工、固体物理等许
多多领域域，研究究分子结构结构、分子反应应、均相催化均相催化、多多 单击此处编辑母版标题样式
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研究内容 几何结构的确认和电子结构的解析 反应过渡态、中间态的搜索和优化 基于基于全部或部分全部或部分HHessiian矩阵的振动频率计算矩阵的振动频率计算 单击此处编辑母版标题样式 Mulliken，Hirshfeld 以及 ESP 电荷的计算，键
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Dmol3过渡态outmol
请教下各位&&有没有遇到过计算过渡态的时候outmol里有时会有能垒&&反应能量&&而有时没有，如下：
& &Summary of TS calculation
& &&&Energy of reactant& && && &&&:& && &- Ha
& &&&Energy of product& && && && &:& && &- Ha
& &&&Energy of transition state& &:& && &- Ha
& &&&Location of transition state :& && && && &0.55601
& &&&Energy of reaction& && && &&&:& && && && & 22.919 kcal/mol
& &&&Energy of barrier& && && && &:& && && && & 25.135 kcal/mol
是成功了&&但是没有
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