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Paenibaillus sp. Alobe-1全基因组测序及其比较基因组学研究.pdf56页
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摘要 尸臼2挖f6口cZ刀淞sp.‘Aloe.11全基因组测序 及比较基因组学研究 微生物学专业硕士研究生夏天 指导老师:彭远义教授 摘 要 类芽孢杆菌以其多样化的产物和功能,成为应用广泛的工农业微生物。目前已不不同环
境下分离出2000多个分离株,但完成测序的基因组数量有限,阻碍了对其进一步开发利用以
株植物内生细菌。该细菌能产生广谱抗菌活性物质及表面活性素,具有固氮作用,同时对动
物具有促进生长和加强免疫等作用。因此,,白阴j6口cj朋淞sp.Aloe.1l在农业、医药、工业上都
有潜在的应用价值。对几e订f6口cj口榔sp.Aloe.11进行全基因组测序,在理论研究和应用开发上
都有重要的意义。 l基因组测序与注释 本研究采用第二代高通量测序方法IU恤lim 因组鸟枪法测序,对测序原始数据过滤掉低质量片段后,获得10,147,096条高质量Reads,共
重复测序以校正序列,最终获得了觑丹硒口c讲淞sp.Al∞-ll基因组草图.基因草图共52条
sca仃0ld,组装大小5,812,362
对基因组进行基因预测,并采用了盯、COG、Pfi吼、Prosite、Tig面m等数据库进行了注释. 73个. 12
使用tRNAsc锄.sE预测Ⅱ心iA AGFl。
个。基因组序列提交 艳IlBalll ,接受号为NZ
2基因组代谢与调控分析 对忍绷西舭sp.Aloe.11基因组进行分析发现,基因组中参与各种物质代谢的途径最
多,其次是膜转运和遗传信息处理。在Alloe.11存在完整的三羧酸循环,以及糖酵解和磷酸 订l锄nose 果糖与甘露糖 m姐∞∞ 等小分子物质,以及分泌水解酶,如葡聚糖酶,纤维素
酶,淀粉酶等利用环境中的大分子糖类。在觑咒西钟埘凇sp.Aloe.1l的基因组中包含有代谢常
规氨基酸以及部分D型氨基酸。同时还发现固氮
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