图文讲解MEGA4.1建进化树步骤(进化树,序列,核酸,分子进化) - 生物信息 - 生物秀
标题: 图文讲解MEGA4.1建进化树步骤(进化树,序列,核酸,分子进化)
摘要: [图文讲解MEGA4 1建进化树步骤(进化树,序列,核酸,分子进化)] MEGA
的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化(Molecular Evolution)遗传分析。
MEGA [关键词:进化树 序列 核酸 分子进化 遗传分析 多序列比对 氨基酸序列 辐射图]……
的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化(Molecular Evolution)遗传分析。
MEGA 可用于
比对、进化树的推断、估计分子进化(Molecular Evolution)速度、验证进化假说等。MEGA 还可以通过网络（
NCBI ）进行序列的比对和数据的搜索。
选择Alignment ---- Alignment Explorer/CLUSTAL，出现一个对话框：
根据提示内容，进行选择，在此我选择第一个“Create a new alignment”，出现：
根据自己的序列是核酸还是序列进行选择，在此我选择“Yes”，出现：
Date --- Open --- Retrieve Sequences from File
，选择已在Clustal X中已对齐的格式文件[CLUSTAL文件(.aln)]，如下图：
选择之后，得到：
双击文件名可以进行修改 (某些Clustal X版本无法识别原
文件名的，在这里就可以修改了，就像我用汉化版的Clustal X 1.81不可以识别某些序列文件名) ，修改后如下：
右键菜单点击删除Clustal
X中附带的“※”号行，修改文件名后可以保存“当前比对结果”，以便下次再用。然后再补充一下，此软件整合了Clustal
X程序，菜单Alignment中选择“Align by
ClustalX ”即可。选择所要比对的序列，单击后出现下面这个对话框：
选择默认设置，点击OK就进行比对了。此后会出现一个过渡对话框，显示的是两两比对和
多序列比对 的过程：
等待其运行完成后，可以保存，也可以直接删除，出现对话框：
选择Yes，出现：
输入一个名称,如SIV-N2，接下来几步类似,保存后点YES出现:
当这个序列数据界面出来后，注意软件的主界面发生了一定的变化，多出了几个功能菜单：
选择主界面中的Phylogeny菜单，Bootstrap Test of Phylogeny
--- Neighbor-joining…
Bootstrap选择1000次重复，模型选择核酸---p-distance。Compute后，得出系统结构树，如下：
替换成辐射图：
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mega6.0进化树构建问题
如图，自己用mega构建进化树后，没有文献中最右侧的竖线？图片来自文献截图
是用PS软件P的么？
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即送15丁当
教你如何利用MEGA4.0做进化树（傻瓜版），
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这个帖子发布于8年零211天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我做了个构建进化树的文章，是使用图片形式表达的，方便大家学习和应用（读图时代），包括软件MEGA4.0的下载地址。欢迎大家多提宝贵意见！联系邮箱：.
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你这些压缩文件怎么打不开啊
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完全打不开！！！
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【1】吹吉,请把你的邮箱留下，我会把文件发到你的邮箱。【2】malinsuccess 你注意到你的序列没有，保存完毕后，一定注意看“protein-coding nucleotide sequence data&点击”yes&.
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你好。我是用clustal x做的序列比对，我没有发现这个软件的参数中有protein-coding nucleotide sequence data。疑问中？
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[1]吹吉，邮件已发。[2]malinsuccess，新发文件收到了吧。
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已经收到了，感谢中！！
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也发一分给我把：tumor_ 不胜感激！！
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dorealm,你收到邮件没？
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麻烦给我发一份 meimei_ 谢谢
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邮件已经发至邮箱meimei_tumor_ssl@
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发给我一份学习学习，谢谢
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我也想要一份，谢谢.cn
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惠赠一份，谢谢。
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:) 谢谢！已收到！～～
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请给我发一份，邮箱.cn,非常感谢！
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俺也想要呢。
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你好！请发一份到我邮箱好吗，谢谢！邮箱：等待中........
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我也想要一份，请发至：,先谢谢啊
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