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【经验交流】药物设计与研发专业平台系统之Discovery Studio 3.0（win）、Discovery Studio 3.5（linux）
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这个帖子发布于2年零288天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
&全球分子模拟、化学信息学和生物信息学领域的Discovery Studio的最新版本Discovery Studio 3.0。与上一个版本相比，Discovery Studio 3.0在软件的部署（New Deployment）、功能的增加（New Science）、分子界面的显示（New graphics）、与三方软件的合作（New collaboration）都有较大的更新，主要体现在： 1.
新功能：抗体设计、蛋白设计
自动构建具有全长结构的抗体：以免疫球蛋白G1和G2为模板，构建抗体的全长3D结构
自动构建抗体骨架区（framework）：分别将抗体重链和轻链的模板与第三个决定两链相对位置的模板进行叠合，构建抗体的骨架区3D结构
增强抗体序列和结构的描述功能：识别并注释抗体序列中相应的高可变区
使用氨基酸扫描进行蛋白质亲和性分析：计算单点突变对于蛋白复合物亲和力的影响，且支持并行计算。
使用氨基酸扫描进行蛋白稳定性分析：计算单点突变对于蛋白稳定性的影响，且支持并行。
预测稳定性突变：预测蛋白质结构中双突变或三突变位点对蛋白质稳定性的影响基于配体的药物设计
基于受体-配体复合物产生具有选择性的药效团：基于受体-配体复合物产生选择性最优的药效团模型（采用GFA模型预测药效团的选择性）。所产生的药效团模型与受体-配体间的相互作用一致。
完全基于配体产生具有选择性的药效团：从配体出发，自动生成系列药效团特征，并用GFA方法挑出选择性最优的药效团模型。
产生全新配体的组合库设计新工具
用BREED算法[Pierce et al,2004]将一系列叠合后的分子按匹配价键进行替换，生成新的“杂合”配体。应用这种方法，可以指定一个配体分子集合，并从该集合分子中产生多个新的配体分子。QSAR流程
为QSAR准备配体：可以通过多个步骤，例如将配体加氢，进行Kekulize设置等操作准备配体分子，用于后续的QSAR分析
为QSAR产生训练集和测试集：提供将配体分子分成训练集和测试集的方法。其中训练集用于构建QSAR模型，测试集用于验证模型的预测能力。
准备从属性质：将分子性质放大，或分子的某些连续性质转变为离散性质以便为某些在构建某些QSAR模型中使用。 2.
与第三方软件的合作：
分子对接（GOLD）：DS3.0继续支持整合GOLD软件（支持最新的GOLD5.0），提供与GOLD最新功能的接口，这些新功能包括将配体与系列蛋白对接、改进对接过程中水分子的处理。
NAMD: DS3.0新增实例protocol，该protocol允许用户在DS的界面中调用NAMD分子动力学程序进行模拟计算。NAMD分子动力学程序由伊利诺伊大学TCB集团的贝克曼研究所开发。用户需要有NAMD程序的使用权限。3.
新的客户端：
新的“Storyboard”模式：图形界面观看分子结构时，可以将分子的每一个景象保存为.dsv格式，方便后续的查看。
免费的DS客户端：无需连接Pipeline Pilot或license服务器用户便可以免费使用Discovery Studio的客户端。
3D显示性能：分子显示性能得到极大的改善，使用硬件加速后可显示分子的阴影效果
3D显示新效果：可以在目标分子周围或分子内直接产生阴影，可以进行深度模糊以及原子轮廓显示，并可以自定义背景.4.
软件部署的更新：
与最新版本的Pipeline Pilot完全兼容。 Discovery Studio 3.0直接作为Pipeline Pilot8.0CU2的一部分，两产品可以进行统一安装。
新增对Microsoft Windows7 (仅限DS客户端) 、Red Hat Enterprise Linux 5 Update2 (5.2)和Windows 2008 Server(64-bit)三个操作系统的支持。
不知道邀请谁？试试他们
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看这个标题，似乎DS 3.5 linux你有？
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怎样才能得到呢？最近一直在研究分子模拟，想学习一下。
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可以下载2.5.5的。或者购买3.0的。建议下载我分享的薛定谔最新版本的crack。你懂得
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关于丁香园如何用discovery studio将配体和蛋白整合为一个复合物 _ 信阳宠物网
如何用discovery studio将配体和蛋白整合为一个复合物
iscovery Studio&#8482，专业的生命科学分子模拟软件; (简称DS)，DS的服务器-客户端模式使得科研人员能够最方便且最大限度地实现计算资源共享,是个人电脑上的全新分子建模环境
B，可以比作“信号接收塔”A，因此可以把静态的三维结构比作“三明治”或“三合板”，在细胞间的识别过程中发挥重要作用；C、在细胞膜外侧分布有糖蛋白，不能比作静态的“枣糕”、细胞膜流动镶嵌模型认为细胞膜具有一定的流动性，D错误．故选、“正在煮8的粥”具有流动性可以比作细胞膜流动镶嵌模型，C错误，A错误B正确；D
Discovery Studio™ (简称DS),是个人电脑上的全新分子建模环境，专业的生命科学分子模拟软件，DS的服务器-客户端模式使得科研人员能够最方便且最大限度地实现计算资源共享。
B正确，在细胞间的识别过程中发挥重要作用，A错误，C错误；B、“正在煮8的粥”具有流动性可以比作细胞膜流动镶嵌模型、在细胞膜外侧分布有糖蛋白、细胞膜流动镶嵌模型认为细胞膜具有一定的流动性，D错误．故选，不能比作静态的“枣糕”；C，因此可以...
首先，确保电脑上已经成功安装Discovery Studio2.5软件（下面简称DS2.5），我有一篇经验写怎么安装DS。DS界面如下，主要是用左侧第三栏的protocol协议 首先，打开待模建的序列，DS对文本格式要求较高，fasta文件要求首行&蛋白名，下面另起一行是...
不清楚你的问题是什么意思 不过个别氨基酸的改变可能会引起蛋白质的结构和功能的改变，因此改变个别氨基酸是有助于研究蛋白质中氨基酸功能的
它能迅速有效地简单的二维图形或照片转化非凡的浮雕...其前身是基于DOS操作系统的3D Studio系列软件。在...常用一些如Corel Draw或者Illustrator之类的矢量图制作...
首先，需要获取DS软件，小木虫是个好地方，现在已经发布3.0版本，但是是收费的，有破解版，但是入门建议用稳定的2.5版本。放链接容易被评为广告，所以大家自己去小木虫找资源吧。下载的压缩包解压缩后的内容如下 双击setup.exe，弹出安装界面 选...
在窗口中右键→Display Style→Protein→ Solid Ribbon
打开view 下面的tool panels 下的change forcefield项目打勾。然后在tools面板下会有change forcefield选项，展开面板。forcefield下面可以选择你要施加的力场，最后点击apply forcefield。当然前提是你要先打开要优化的分子窗口。
这个是工具啦。我一般用Discovery studio3.0做，至于预测，都是搞同源模建吧。直接预测的没一个准的，真正专家没人信这个，只有晶体结构才是硬道理！
保电脑上已经成功安装Discovery Studio2.5软件（下面简称DS2.5），我有一篇经验写怎么安装DS。DS界面如下，主要是用左侧第三栏的protocol协议 首先，打开待模建的序列，DS对文本格式要求较高，fasta文件要求首行&蛋白名，下面另起一行是.
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本文网址：http://www.0376pet.cn/view-.htmldiscovery studio怎样让受体配体分离_百度知道
discovery studio怎样让受体配体分离
我有更好的答案
您好朋友 以下翻译来自网络 iron ligation 铁结扎 真诚希望能够帮助您 如果满意请采纳，谢谢！
受体在药理学上是指糖蛋白或脂蛋白构成的生物大分子,存在于细胞膜、胞浆或细胞核内。不同的受体有特异的结构和构型。配体指对受体具有识别能力并能与之结合的物质，也就是指药。受体是细胞表面或亚细胞组分中的一种分子，可以识别并特异地与有生物活性的化学信号物质(配体)结合，从而激活或启动一系列生物化学反应，最后导致该信号物质特定的生物效应。如安眠药安定作为配体，能作用于体内的苯二氮卓类受体迅速诱导患者入睡，减少夜间觉醒次数，延长睡眠时间和提高睡眠质量
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第1个回答:
这个胜具啦。我一般用Discovery studio3.0做，至于预测，都是搞同源模建吧。直接预测的没一个准的，真正专家没人信这个，只有晶体结**攀怯驳览恚
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&如何用discovery studio将配体和蛋白整合为一个复合物
如何用discovery studio将配体和蛋白整合为一个复合物
作者 yangguaiw
如果配体和蛋白质之间结合力是氢键的话该怎么整合为一个复合物？
成功对接后，新开一个文件，将蛋白和配体考过去，蛋白点掉locked勾勾，去掉对接时设定的半径，保存就行了
引用回帖:: Originally posted by Jiao4333303 at
成功对接后，新开一个文件，将蛋白和配体考过去，蛋白点掉locked勾勾，去掉对接时设定的半径，保存就行了 能详细点吗
引用回帖:: Originally posted by Jiao4333303 at
成功对接后，新开一个文件，将蛋白和配体考过去，蛋白点掉locked勾勾，去掉对接时设定的半径，保存就行了 你好！谢谢你的回帖，我按照你给的方法尝试了
之后拿这个复合物和另外的新配体对接时候Input Receptor会提示有两个（选择与原来的蛋白对接还是和原来的配体）
因为复制到新窗口层次图窗口里面他们还是分开的，是不是需要在复制到新窗口的时候把原来的配体拉到蛋白质里面？
抱歉回复比较晚因为没想到真的有人回答
来我的群里面讨论呗
引用回帖:: Originally posted by 谷歌帝 at
来我的群里面讨论呗 感谢，已加
您好，不知道您最后是怎么解决的，望指点一二。。
引用回帖:: Originally posted by yangguaiw at
你好！谢谢你的回帖，我按照你给的方法尝试了
之后拿这个复合物和另外的新配体对接时候Input Receptor会提示有两个（选择与原来的蛋白对接还是和原来的配体）
因为复制到新窗口层次图窗口里面他们还是分开的，是 ... 这事我做过。
你按我的步骤来：
1、新开一个文件，将蛋白和配体考过去，删除binding site，sephere等信息，保存为pdb文件；
2、用editplus软件（是一个文本编辑软件）打开，删除最前面的二条信息，再输入下面二行的信息：
& & HEADER& & protein kinase c& && && &&&26-SEP-01& &1A25
& & TITLE& &&&HUMAN protein kinase c
注意：用你的蛋白名称取代“protein kinase c”，用你的日期取代“26-SEP-01”，用你的PDBID取代“1A25”；第二行也是同样的。
3、保存为pdb文件。
最后你再用DS打开，就是一个复合物了，
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