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R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用
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本书是国内第一本系统介绍R语言及Bioconductor软件包的图书。R是一种计算机程序设计语言，也是一个开放式的软件开发平台。R具有强大的数学统计分析和科学数据可视化功能，提供各种数据处理、统计分析及图形显示工具。软件研究人员可以在R这个开放平台上不断扩充R的功能，开发出面向特定应用的软件。Bioconductor就是一个基于R的、面向基因组信息分析的应用软件集合。Bioconductor的应用功能主要是以包的集成形式呈现在用户面前，它提供的软件包中包括各种基因组数据分析和注释工具，其中大多数工具是针对基因芯片或DNA微阵列数据的处理、分析、注释及可视化。同时，Bioconductor还提供许多与DNA微阵列相关的数据包。《R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用》面向计算机应用人员，特别是针对从事数学统计分析和生物信息学研究及应用的有关人员，着重介绍R语言和Bioconductor的基本用法及技术，并提供许多精简的程序实例，为读者了解和熟练使用R语言和Bioconductor提供帮助。...展开收缩
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我最近在学习使用R进行生物信息学分析时，一直卡在GO分析的参数设置部分，总是报错，求各位大神指点迷津！
15:24:34 上传
试了很多次，一直都出现这一类错误，Error in (function (classes, fdef, mtable)
我基础十分薄弱，希望得到大家帮助，不胜感激！
(26.08 KB)
15:33:30 上传
问题中涉及的数据包
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&&&&&&&&&&& 问题 #384
by xingzhou823 on 2013 年 5 月 8 日
xingzhou823
Differential Coexpression Analysis and Differential Regulation Analysis of Gene Expression Microarray Data
DCGL package contains four modules which are Gene filtration module, Link filtration module, Differential CoExpression Analysis (DCEA) module and Differential Regulation Analysis (DRA) module. In Gene filtration module, there are expressionBasedfilter and varianceBasedfilter functions to filter genes on expression microarray data. In Link filtration module, there are rLinkfilter, percentLinkfilter and qLinkfilter functions to filter gene coexpression links in coexpression networks. DCp, DCe, WGCNA, LRC and ASC functions were implemented in DCEA module for extracting differentially coexpressed genes (DCGs) and differentially coexpressed links (DCLs). The final step of DCEA module is DCsum to determine DCGs and DCLs which come from multiple DCEA methods. In DRA module, there are DRsort, DRplot and DRrank functions to identify differentially regulated genes (DRGs) and differentially regulated links (DRLs) and to present some relevant information according to regulation knowledge.
DCGL包包含四个模块：基因筛选；关系对筛选；差异共表达分析；差异调控分析。
DCGL包的安装：
基础：R版本在3.0以上；
安装需要的子包：
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Loading required package: limma
Loading required package: org.Hs.eg.db
Loading required package: AnnotationDbi
Loading required package: BiocGenerics
Loading required package: parallel