求教用cobra toolbox做FBA代谢流分析的前辈【matlab吧】_百度贴吧
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求教用cobra toolbox做FBA代谢流分析的前辈收藏
本人按照《What is flux balance analysis?》（作者：Orth, J. D.、Thiele, I.、Palsson, B. O.）这篇文章在做学习，用的案例也是这篇文章的补充材料教程在做。就是在做第二个Example的时候，测生物质前体和辅酶因子产量，ATP、NADH、NADPH就都还行，可是在测3pg (3-phospho-D-glycerate), pep (phosphoenolpyruvate), pyr (pyruvate), oaa(oxaloacetate)……这些时就测的数据和原文的不对应，不知道问题在哪，我使用的语句是：model = readCbModel('ecoli_textbook');model = changeRxnBounds(model,'EX_glc(e)',-1,'b');model = changeRxnBounds(model,'EX_o2(e)',-1000,'l');model = addReaction(model,'EX_pep(c)','pep[c] -&')model = changeRxnBounds(model,'EX_pep(c)',1000,'u')model = changeRxnBounds(model,'EX_pep(c)',0,'l')model = changeObjective(model,'EX_pep(c)')FBAsolution = optimizeCbModel(model,'max')printFluxVector(model,FBAsolution.x,true)printShadowPriceVector(model,FBAsolution.y)想求教前辈，哪里出错了？
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cobra_2.0.5 代谢网络分析Matlab工具箱，主要实现 的FBA，MFA等 方法。是 中
238万源代码下载-
&文件名称: cobra_2.0.5
& & & & &&]
&&所属分类:
&&开发工具: matlab
&&文件大小: 6415 KB
&&上传时间:
&&下载次数: 1
&&提 供 者:
&详细说明：代谢网络分析Matlab工具箱，主要实现代谢网络的FBA，MFA等分析方法。是代谢网络分析中非常有用的工具箱。-Metabolic network analysis Matlab toolbox, the main achievement analysis of metabolic networks FBA, MFA and so on. Metabolic network analysis is a very useful toolbox.
文件列表(点击判断是否您需要的文件，如果是垃圾请在下面评价投诉):
&&cobra&&.....\addLoopLawConstraints.m&&.....\analyzeRxns.m&&.....\changeGeneAssociation.m&&.....\CHANGELOG&&.....\changeObjective.m&&.....\changeRxnBounds.m&&.....\changeRxnMets.m&&.....\checkCobraModelUnique.m&&.....\checkDuplicateRxn.m&&.....\checkObjective.m&&.....\computeElementalMatrix.m&&.....\computeMW.m&&.....\convertIrrevFluxDistribution.m&&.....\convertModelToEX.m&&.....\convertToIrreversible.m&&.....\convertToReversible.m&&.....\deleteModelGenes.m&&.....\design&&.....\......\alphabetizeModel.m&&.....\......\analyzeGCdesign.m&&.....\......\analyzeOptKnock.m&&.....\......\augmentBOF.m&&.....\......\createBilevelMILPproblem.m&&.....\......\doubleProductionEnvelope.m&&.....\......\findCarbonRxns.m&&.....\......\findHiCarbonRxns.m&&.....\......\GDLS.m&&.....\......\GetOptGeneSol.m&&.....\......\multiProductionEnvelope.m&&.....\......\multiProductionEnvelopeInorg.m&&.....\......\optGene.m&&.....\......\optGeneFitness.m&&.....\......\optGeneFitnessTilt.m&&.....\......\OptKnock.m&&.....\......\randomKO.m&&.....\......\setConstraintsIrrevModel.m&&.....\......\simpleOptKnock.m&&.....\......\testOptKnockSol.m&&.....\......\theoretMaxProd.m&&.....\detectDeadEnds.m&&.....\docs&&.....\....\alpha.png&&.....\....\c++.png&&.....\....\c.png&&.....\....\cobra&&.....\....\.....\addLoopLawConstraints.html&&.....\....\.....\analyzeRxns.html&&.....\....\.....\changeGeneAssociation.html&&.....\....\.....\changeObjective.html&&.....\....\.....\changeRxnBounds.html&&.....\....\.....\changeRxnMets.html&&.....\....\.....\checkCobraModelUnique.html&&.....\....\.....\checkDuplicateRxn.html&&.....\....\.....\checkMassChargeBalance.html&&.....\....\.....\checkObjective.html&&.....\....\.....\computeElementalMatrix.html&&.....\....\.....\computeMW.html&&.....\....\.....\convertIrrevFluxDistribution.html&&.....\....\.....\convertModelToEX.html&&.....\....\.....\convertToIrreversible.html&&.....\....\.....\convertToReversible.html&&.....\....\.....\deleteModelGenes.html&&.....\....\.....\design&&.....\....\.....\......\alphabetizeModel.html&&.....\....\.....\......\analyzeGCdesign.html&&.....\....\.....\......\analyzeOptKnock.html&&.....\....\.....\......\augmentBOF.html&&.....\....\.....\......\createBilevelMILPproblem.html&&.....\....\.....\......\doubleProductionEnvelope.html&&.....\....\.....\......\findCarbonRxns.html&&.....\....\.....\......\findHiCarbonRxns.html&&.....\....\.....\......\GDLS.html&&.....\....\.....\......\GetOptGeneSol.html&&.....\....\.....\......\menu.html&&.....\....\.....\......\multiProductionEnvelope.html&&.....\....\.....\......\multiProductionEnvelopeInorg.html&&.....\....\.....\......\optGene.html&&.....\....\.....\......\optGeneFitness.html&&.....\....\.....\......\optGeneFitnessTilt.html&&.....\....\.....\......\OptKnock.html&&.....\....\.....\......\randomKO.html&&.....\....\.....\......\setConstraintsIrrevModel.html&&.....\....\.....\......\simpleOptKnock.html&&.....\....\.....\......\testOptKnockSol.html&&.....\....\.....\......\theoretMaxProd.html&&.....\....\.....\detectDeadEnds.html&&.....\....\.....\doubleGeneDeletion.html&&.....\....\.....\doubleRobustnessAnalysis.html&&.....\....\.....\dynamicFBA.html&&.....\....\.....\enumerateOptimalSolutions.html&&.....\....\.....\external&&.....\....\.....\........\addpath_recurse.html&&.....\....\.....\........\BuildMPS&&.....\....\.....\........\........\BuildMPS.html&&.....\....\.....\........\........\menu.html&&.....\....\.....\........\........\SaveMPS.html&&.....\....\.....\........\errobar_plus.html&&.....\....\.....\........\ezimplot3.html&&.....\....\.....\........\m2html
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