ovito如何查看某一区域原子温度水分子的键角角类型？

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2017-11-19 07:14 标签： 硫化氢键角
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&&请教：如何在ovito中实现单个原子的选取和删除
请教：如何在ovito中实现单个原子的选取和删除
面临的问题是，不确定是否选中原子（每次用鼠标一点，都显示选了一个旋转中心点，而非那个原子选中）。
另外使用“delete selected particles& ，报错 ，”The modifier cannot be evaluated because the input does not contain the required particle property 'Selection'.“
这是因为没有选中原子的缘故，还是因为dump文件中没有包含相关的信息。如果是第二种情况的话，该加哪个原子信息呢
其实我发现在ovito中就可以找到原子I'd,那之后呢
请问ovito是怎么找到原子id的？还有就是找到之后可以算这个原子的键长键角是多少吗？谢谢，
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&&ovito打开lammps的输出文件问题
ovito打开lammps的输出文件问题
在运行lammps中的例子，应该如何输出文件才能在ovito中看到动态的啊？现在输出看到的就是一堆原子啊？谢谢各位指导！
# 3d Lennard-Jones melt
units& & & & & & & & lj
atom_style& & & & atomic
lattice& & & & & & & & fcc 0.8442
region& & & & & & & & box block 0 10 0 10 0 10
create_box& & & & 1 box
create_atoms& & & & 1 box
mass& & & & & & & & 1 1.0
velocity& & & & all create 3.0 87287
pair_style& & & & lj/cut 2.5
pair_coeff& & & & 1 1 1.0 1.0 2.5
neighbor& & & & 0.3 bin
neigh_modify& & & & every 20 delay 0 check no
fix& & & & & & & & 1 all nve
dump& & & & & & & & 1 all custom 1 melt.lammpstrj id type xs ys zs
#dump& & & & & & & & 2 all image 25 image.*.jpg type type &
#& & & & & & & & axes yes 0.8 0.02 view 60 -30
#dump_modify& & & & 2 pad 3
dump& & & & & & & & 3 all movie 25 movie.mpg type type &
& & & & & & & & axes yes 0.8 0.02 view 60 -30
dump_modify& & & & 3 pad 3
thermo& & & & & & & & 50
run& & & & & & & & 250
我打开了 可是那个动画的为什么是灰的啊？是我文件有问题吗？我刚接触这些，还不太会，请多多指教啊！谢谢！
melt.png，
你生成的只是一个状态的结构，所以没有动画。多点温度或其它变化参数，就是有多个状态
哦哦 能麻烦具体举个例子吗？不太明白怎么弄啊？谢谢！
我这就生成了一个dump文件啊？怎么还在那有啊？我是在window下运行的。
还有我可以生成一个movie的文件啊？那个是可以看到动画的啊？是不是我自己dump的问题啊？
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&&如何用lammps的模拟结果数据做出这样的温度分布图？
如何用lammps的模拟结果数据做出这样的温度分布图？
如题 ,tecplot可以实现吗？
QQ截图53.png
不知道为什么刚才的图1没有上传成功。我再试一次。
请问origin有这个功能吗
只要你整理出了（x,y,T）这种数据就行。contour图是一种很常见的图，很多绘图软件都能画，包括origin。
你google一下origin、contour这几个关键词就行。甚至百度都行。
可以说说具体第二种方法，你是如何得到lammps模拟结果的x-y-T的相关数据的吗？谢谢
请问lammps模拟结果的数据中，如何整理出（x,y,T）?谢谢
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&&请问，ovito可以追踪单个原子么？将某个原子选取着色，然后看他的运动轨迹。
请问，ovito可以追踪单个原子么？将某个原子选取着色，然后看他的运动轨迹。
将某个原子选取着色，然后看他的运动轨迹。
那请问VMD要怎么做呢，
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