测序文库构建，如何知道自己的basequickadapterr有没

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2018-06-30 04:49 标签： adapter
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文库构建的这些点，你get到了吗？
来源:生物谷
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详情请关注：http://www.genome.cn
&众所周知，在测序之前都需要进行文库构建，但是为什么要进行文库构建？构建的文库结构各部分又有什么作用咧？不知道大家有没有思考过这些问题。其实文库构建是获得高质量的测序数据的关键步骤，把握好文库构建，测序就能成功一大半。下面就让小编来给大家进行详细解答~
文库构建的目的是在目的片段两端连接上想要的接头，文库结构需要符合Illumina上机要求才能进行测序。
常规文库结构示例
常规文库序列示例
P5和P7接头
将文库连接在Flow Cell上
Flow Cell（FC，流动槽）上固定有大量P5、P7寡核苷酸接头，它们通过共价键牢固地连接在FC上。通过扩增，文库片段通过P5和P7接头连接在FC上，不同的文库的P5和P7序列是相同的。
Index&标签序列
数据拆分依据
常规的PE150测序1条lane产生的有效数据在120Gb以上，很少有一个样品需要测这么大的数据量，在测序时需要将多个文库样品混在同1条lane中，为了能够把测序数据按样本分离，在构建文库的时候，需要用不同index（标签序列）对文库进行标记。
Rd1 SP/Rd2 SP/index测序引物
Read1/Read2/index测序引物及其结合部分
在常规的双端测序中，先进行Read1测序，然后进行Index测序，最后Read2测序，测序前需要先杂交对应的测序引物。不同的建库试剂盒和建库方法，构建出的文库的测序引物可能不相同。Illumina平台的测序引物是多对测序引物的集合，也就是说是测序引物Mix，只要文库的测序引物能够与Mix中的一对引物匹配上就可以进行常规测序。如果文库的测序引物不能与Mix中的引物匹配上，在测序时就要添加特定的引物进行定制化引物测序。
双端测序流程
DNA Insert
插入目的片段
PE150测序最佳文库插入片段大小为350bp，从测序的第1bp起测到的数据就是插入的目的片段序列，常规情况下不会测到接头序列，如果插入片段短于测序读长就会测到另一端的接头序列。
看了上面的解析，大家有没有对文库的结构了然于心，快快打包把样品送过来吧，我们这里有：
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传真：010-转录组测序中的index是什么意思，与adapter有什么区别_百度知道
转录组测序中的index是什么意思，与adapter有什么区别
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转录组测序时，每一个重复构建一个文库吗
我有更好的答案
1）测序文库的构建（Library Construction） 首先准备基因组（虽然测序公司要求样品量要达到200ng，但是Gnome Analyzer系统所需的样品量可低至100ng,能应用在很多样品有限的实验中），然后将DNA随机片段化成几百碱基或更短的小片段
采纳率：94%
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来一波Illumina二代测序文库构建原理介绍。一个制备好的Illumina二代测序文库就是含有一堆双链DNA的海洋，其中每一段DNA的5‘和3’部分的序列都是固定的(adapter)，而中间的序列是可以随便变化的。所以测序文库的构建就围绕着如何给未知序列的上下游加上特定的adapter而展开的。Illumina
最经典的建库原理如图1所示：首先将DNA整理成双端都是blunt
ends的形式，然后再用酶给3'端加上一个A(还记得taq酶的PCR产物可以直接和T载体连接吧，一回事)，之后就是用TA连接方法加上Y形adapter，最后用PCR将文库扩增并回收后就可以上机测序了。这个Y形adapter可是很有创意，当时看懂这个的时候感觉五体投地，简直是高。图1. 图片来源：
接下来介绍一种最近兴起的建库方法，基于Tn5转座子的建库方法。具体的不同如图2所示： 首先就是用Tn5酶将adapter连接到DNA双链中，这样两个Tn5插入就可以形成一个完整的文库，之后就用酶将Tn5插入导致的gap修复好，然后经过PCR完成文库扩增。 图2. 图片来源：Tn5本身是一个DNA转座子的转座酶，它可以带着自己的DNA在基因组上到处插入，研究人员就借用了Tn5的这个特点将其用于文库构建。对其中细节感兴趣的读者可以打开图注中的链接仔细研究。368 条评论分享收藏文章被以下专栏收录介绍最新奇的生物技术和有意思的生命科学研究，这里有无数围绕着生物技术运转的行星，欢迎大家前来分享好东西！

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