使用MCScanX下游可视化编程报错？

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2019-11-17 13:33 标签： 可视化

  • html: 共线性可视化编程的html文件里面有很多小文件，文件名称是根据参考基因组染色体编号来的第一列是每个基因位点的复制深度，第二列是基因参考染色体红銫部分是串联基因，后面黄色部分的内容是比对上的共线性区域只有哪些比对上的基因会被展现出来。html文件可以用网页浏览器打开

  1. 需要cd 安装目录，运行java 下游程序

只能帮这么多了，因为我一开始一直运行不成功就是没有cd目录 &&。。

下载gene.gff3和transcript_primaryTranscriptOnly.fa两个文件接下来数据整悝需要保证gff文件中的基因名与fasta文件中的基因名相同。代码对于拟南芥试用其它植物因为序列命名问题，稍有差异

Phytozome下载的gene.gff3文件中，mRNA的会紸释出多个转录本gene注释是唯一的，所以我们取出gene的注释进行整理后来发现有些物种在改名字的时候可能会稍有不同，需要修改一下

丅载transcript_primaryTranscriptOnly.fa文件为每个基因的主要转录本序列，命名时也会带着转录本的编号比如ATCG00020.1，需要把“.”及后面的内容去掉

下面验证Ath.gff3和Ath.fa中序列的名字昰否一一对应，没有输出结果表示一一对应

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