怎么用gene2.5找测序通用引物引物

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2015-10-16 10:06 标签： 测序引物
解决时间: 21:37
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我克隆测序出来结果了，可是不会看峰图，如何确定就是自己想要的序列呢？如果是，又怎么掐头去尾，把不要的部分去除呢？还有，为什么我从测序结果中找不到我PCR时的扩增引物呢？请指教，谢谢
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回答者： [] [] []
一级 一星助者
你应该在DNAMan上进行比对，看引物能不能比对上（一个不变，一个反向互补），如果比不上，那可能就不是你要的序列，如果能比上，上游以引物第一个为分界线，去除前面的；下有一最后一个为分界线，去除后面的，剩下的就是目的序列。然后在NCBI上Blast.就OK了。
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按照您说的，已经做出来了，非常感谢！
作者：清玉水荷 时间： &共0人支持此评论
找到"请问拿到测序的结果，怎么找不到引物序列？"相关问题约0篇，用时0.062501秒
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&怎样选择（设计）测序用引物？
能否就这方面的知识给予详细解答，谢谢！
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提问者： [] [] []
回答者： [] [] []
一级 一星助者
测序用引物要求非常严格，不同于PCR用引物。PCR用引物一般只要能和模板结合，3&端的几个碱基能完
全配对，即使引物长达80～100多个碱基，只要调整PCR反应条件，也能成功进行PCR反应。
而测序用引物便不一样了，必须严格符合以下要求。本公司的测序用引物全用引物设计Primer设计。在
本公司测序时，我们可免费帮助设计测序用引物。
（1）长度在15～25个碱基左右，一般选择20个碱基（根据GC含量作适当调整），
（2）3&端尽量选择G或C碱基（但不绝对），以增加与模板的结合能力。
（3）Tm温度应选择50℃～70℃左右。
（4）GC含量应选择在50%左右，尽量避开A、T、G、C的连续结构。
（5）避开引物自身形成发夹结构或引物二聚体结构等复杂结构。
（6）保证引物和模板100%匹配，特别是3&端的几个碱基一定要100%匹配。同时必须严格保证引物和模板之间
只能有一个结合位点。
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3秒自动关闭窗口16/18s rRNA gene通用引物如何设计(通用引物,真菌,细菌,测序) - PCR实验 - 生物秀
标题: 16/18s rRNA gene通用引物如何设计(通用引物,真菌,细菌,测序)
摘要: [16 18s rRNA gene通用引物如何设计(通用引物,真菌,细菌,测序)] 最近需要PCR几个细菌 真菌的16 18s rRNA genes 并测序和比对，因此选用的通用引物长点好。坛子里给出的通用引物有些并不合适。我想知道怎么样自己设计这样的通用引物？或者那个地方 网站能够有比较好的数据库可以方便的给出较全的通用引物序列？谁能不能推荐一片好的相关文献给我呢？谢谢 关键词:[通用引物 细菌 真菌 测序 引物序列 数据库 比对]……
最近需要PCR几个细菌/真菌的16/18s rRNA genes 并测序和比对，因此选用的通用引物长点好。坛子里给出的通用引物有些并不合适。我想知道怎么样自己设计这样的通用引物？或者那个地方/网站能够有比较好的数据库可以方便的给出较全的通用引物序列？谁能不能推荐一片好的相关文献给我呢？谢谢
自己找到了解决办法。以下数据库的左下角有primer连接，点击后，真核原核，核的还是线粒体的，应有尽有，希望对后来者有用。http://www.psb.ugent.be/rRNA/index.html回复谢谢assay共享！回复my pleasure。其实我早就找到一些合适的16/18S通用引物。但是我更关心这些序列怎么来的，所以就找到那个数据库了，上面有图文并茂的说明。
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