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即送15丁当
将基因芯片数据中的CEL文件用MAS5.0标准化后，下一步咋弄
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这个帖子发布于4年零331天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
想分析差异表达基因，要做过滤之类的吗？
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MAS已经很out了吧QC做了么？最简单的比较均值的倍数变化，复杂点的上ANOVA，再能折腾话就机器学习和pathway enrichment analysis
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芯片数据的常规分析也就那么几样，但是因为芯片数据重复性不够好，对分析经验和算法选择要求比较高，否则，分析出来的结果很不可靠。如果你对这些内容不熟，还是找专业公司做吧。
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谢谢大家的建议，问题解决
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我最近也在弄这个，用Arraytools试试，似乎可以分析差异表达基因，也正在学习中ing
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即送15丁当
目标基因有差异，但是通过GO、KEGG的enrichment分析，无pathway信息，急急急啊
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这个帖子发布于4年零179天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
请问各位大神们，无参考基因组，转录组数据分析发现，我的目的基因RPKM有差异，但通过GO、KEGG分析发现，他不属于任何pathway？请问各位我现在该怎么办啊？要不要拿我目的基因最保守的一段再进行一次GO、KEGG啊？因为我就是需要那个pathway map啊？请求指点？
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我记得你做的物种是昆虫的吧，对于非模式生物的基因功能分析，GO分类应该会有些信息，因为GO是不分物种的，pathway分析极有可能没有，这个数据库信息量相对较少。因为没有参考基因组，我想你可能需要首先确定你的差异基因，或许需要结合多个物种进行同源性分析。如果没有pathway的信息，何不针对差异基因构建一个network呢，或许你能构建一个有意思的pathway。
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KEGG的pathway是经典的，经过大量实验验证的pathway，如果一个基因的功能和上下游未完全清楚，是不会放在KEGG的pathway中，请教：如何针对差异基因构建一个network
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回复楼上战友：network是芯片分析中最为复杂的一个部分，简单说来，有两种形式。其一是data-driven network，对差异基因进行Co-expression基因调控网络构建。采用的是贝叶斯方法，对表达数据进行机器学习，来构建差异基因之间的动态网络，对网络的构建数据要求比较高。其二时Knowledge-driven network,通过整合text mining，experiment，database的数据，构建的基于已有知识的驱动网络。
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现在基于expression profile的network re-construction已经不再是个hot topic。一个原因是方法相对成熟，二是false positive比较多，再就是只能用于转录网络。对转录网络来说，更主要是现有high-throughput的实验技术(chip-chip或chip-seq)正在逐渐普及，而且结果也可靠得多。
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谢谢各位大神们的的指点，阿趣生物提到的针对差异基因构建一个network， 对于没有bioinformatics基础的人来说，难度很大吧
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阿趣生物 回复楼上战友：network是芯片分析中最为复杂的一个部分，简单说来，有两种形式。其一是data-driven network，对差异基因进行Co-expression基因调控网络构建。采用的是贝叶斯方法，对表达数据进行机器学习，来构建差异基因之间的动态网络，对网络的构建数据要求比较高。其二时Knowledge-driven network,通过整合text mining，experiment，database的数据，构建的基于已有知识的驱动网络。感谢阿趣生物的指点，让本人有了点思路。您所说的这个network构建自学很难吧
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丁香园中级站友
network构建，学习中
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打扰了，新手一个，请问获得差异基因后如何进行go。kegg分析的？可以说的详细一点吗，因为我访问了以上网站，没什么头绪，谢谢了先
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小二儿走起 打扰了，新手一个，请问获得差异基因后如何进行go。kegg分析的？可以说的详细一点吗，因为我访问了以上网站，没什么头绪，谢谢了先你先学会用DAVID先，网址http://david.abcc.ncifcrf.gov/这个是基础
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请问如何整合分析不同基因的pathway
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这个帖子发布于6年零104天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我有多个感兴趣的基因，也查到他们不同的pathway，但是能否用一些软件或网站把把这些pathway进行整合分析呢？这样的话就综合性更强些谢谢
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可以分析的，但是具体软件部知道，可以加我QQ探讨下：
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希望知道的前辈指点一下，
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到这个网站可以做到
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目前有很多分析pathway的软件的有免费的，比如david, kegg-pathway,GO et al.更好的是商业的，PANTHER and INGENUITY,MAGENTA等当然最好综合分析他们得出的结果
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免费的都不太好，很多Pathway分析出来是得不到的，比如wnt通路，需要更详细了解，请加qq：
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请教下：小麦的pathway怎么分析呢，看到好多的分析软件都没有小麦这个物种呢，是否必须要做同源转换才可以呢
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可以上去看看，可能会对你有帮助
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你可以用cy软件的enrichmentmap插件分析一下path－net
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楼主，你之前把这个问题解决了吗？
现在我也遇到了这样的问题。能分享一下你的解决办法吗？
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同问。不知道现在有没有什么好办法，软件？
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基因在每个pathway中的富集程度(enrichment p-value)是怎么统计的？
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我请公司做了一个芯片检测，其中结果数据里有关 基因在每个pathway中的富集程度(enrichment p-value)
比如： PathwayIDDefinitionFisher-PvalueSelectionCountsCountEnrichment_Scorehsa05168Herpes simplex infection6.62307E-06261825.我想知道这个Fisher-P value 是怎么算出来的？希望能够得到专业人士的帮助，谢谢！
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关于丁香园['pɑ:θwe?]
['paeθwe]
n. 路，道；途径，路径
技术评估门路(Pathway)：TRB的技术评估门路有B，B，D，E声请人别离需要有4年正式学徒经验，五年非正式学徒履历，五年岁情岗亭培养训练履历，和澳大利亚...
基于162个网页-
过 道 ( Pathway ): $40 ( edge:25.92
基于87个网页-
为什么呢，因为出国留学本身只是提供给学生一个教育的途径(PATHWAY),作为这个过程来说确实没有人能承诺会改变什么，或者换句话说，会变得比出国以前更好。
基于66个网页-
基因富集及meta分析筛选?非小细胞肺癌发生发展关键基因的研究 | HE | 中国肺癌杂志
关键词 】肺肿瘤；基因富集；meta分析；通路；关键基因
[gap=1778]Key words 】L Gene set- Meta- Pathway; Key gene
基于63个网页-
两用代谢途径
无定向代谢途径
兼用代谢途径
旁路激活途径
听觉传导路
乙醇酸途径
乙醇酸循环
听觉传导通路
听觉传导路
感觉传导路
污染物前途
污染物传播途径
更多收起网络短语
[ 'pɑ:θwei, 'paeθ- ]
a bundle of myelinated nerve fibers following a path through the brain
a trodden path
以上来源于:
['pɑ:θ 'paeθ-]
【生物化学】途径
以上来源于：《21世纪大英汉词典》
/'pɑ:θ?we?/
A pathway is a path that you can walk along or a route that you can take. 路径
Richard was coming up the pathway.
理查德正沿路走来。
A pathway is a particular course of action or a way of achieving something. 途径
Diplomacy will smooth your pathway to success.
良好的交际会铺平你的成功之路。
n. 路，道；途径，路径
They walked along the pathway toward the house.
他们沿着小路向那所房子走去。
But immigration should not be the only pathway for those seeking opportunity.
但移民对寻求机会的人来说不应该是唯一途径。
So we could get this result from another pathway, too, but a more simple and direct way is just to start directly from the Boltzmann result for entropy.
所以我们也能从另一途径得到这个结果，但一个更简单，更直接的方式是直接,从波耳兹曼的结果入手得到熵。
The Cleveland Clinic says the cause of cluster headaches is in a brain area known as a trigeminal-autonomic reflex pathway.
VOA: special.
What's changing along here is the what's changing along this pathway is the expression pattern of genes in cells.
因此这里改变的是,在这条途径上改变的是,基因表达的模式
So, this pathway might not be the only one that's being activated inside the cell at any given time.
因此,任一时刻细胞内,激活的信号通路不只是一条
Rent a bike (or bring your own) and follow the only pathway out of the village.
It must provide a clear pathway to citizenship for those 11 million who are here illegally.
Becoming a Social Enterprise is a learning process and the Buyers Journey is a pathway forward.
$firstVoiceSent
- 来自原声例句
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