使用canoco 5.0破解版下载5.0进行RDA分析中问题求助

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2017-02-26 13:56 标签： canoco 5.0 破解
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【求助】生物/环境相关分析（CCA/RDA）の数据处理
canoco软件分析过程中，有选项对生物数据、环境数据进行中心化和标准化，看到文献/说明有讲，数量及差别大的数据需要在这之前进行标准化，但是pH值不需要……
:shuai:问题纠结所在：在软件处理前对数据的初始整理需要做到什么程度，如果是标准化，是如何操作的？软件自身处理是的中心化标准化的作用是什么？pH值特殊性在于？
（初学者，很多东西没有厘清，也可能理解有误，求大神解救！请尽量通俗讲解~跪谢！:work::hand:）
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Canoco软件使用用问题
刚刚接触CCA，具体操作步骤有很多问题，真心请教各位
1、使用Canoco软件分析环境因子和群落种群数量关系时，样点和物种中心化或者标准化的处理都有什么作用呢？对画的图有什么改变吗？
2、还有蒙特卡洛检验有什么意义吗？他的值是有范围要求吗？ 我看有的地方是说，蒙特卡洛检验值P，与零和假设有关系，P值<0.05或者<0.01时，即表明，物种和环境成显著相关。不知道这个理解正确吗？那么如果做出来的图P值很大，是不是表明不能继续分析下去呢？
3、为什么RDA画出来的图，物种信息也是箭头呢，不应该是点嘛？ 但是我看有的文献里面也是用点表示的，这个可以修改吗？
谢谢您，第二个问题还是不太明白，我看了您说的那一章，还是不太明白。那么P值怎么才算显著性明显呢，好些文献都是看P值，然后进行分析。说实话，我都是自己理解这个软件，肯定有很多理解错误的地方。
另外，我有16个点，有13个环境因子，并不是很好分析。做出来的第一个first canonical axis的P值为0.288，而all canonical axes的p值为0.002，已经是得到的最好结果了，这样的结果我可以分析吗？
依此做出来的RDA图如图所示，假如这个结果是可用的，那么，我这样解释可以吗，“前两个排序轴对物种的解释量为31.5%和21.3%。所有的排序轴即所选的环境因子对物种的总解释量为83.8%。环境变量如Corg、pH、N轴较短，对微生物群落组成的影响很小。重金属中Pb、Cd、Mn、Co、WSC与第一排序轴呈较大负相关，说明第一排序轴明确的反映了Pb、Cd、Mn、Co、WSC的分布情况，即从左到右，Pb、Cd、Mn、Co和水分的含量逐渐降低。与第二排序轴负相关性良好的是Zn、Cu、P，说明从下到上，Zn、Cu、P的含量逐渐降低。”其中有一点不太明白，这里面各环境因子箭头与轴的夹角是不是表示环境因子与轴的相关性呢？那么对Corg来说，与各个轴的相关性都不高，怎么会夹角这么小呢？
另外还有个问题，我怎么将环境因子与群落信息结合起来呢？实心三角代表不同的种群。是不是看群落与哪个环境因子的箭头夹角小，箭头长那？像bet来说，与Corg的夹角最小，但是Corg的线那么短，这个怎么解释呢？比如这个图，我应该怎么说？能否举个例子呢？
最后还有个问题，环境因子预选的问题，是这样子预选吗，比如第一个wsc的特征值是0.147，那么我检验以后，其P值是0.0020，就可以入选对吧，然后将其选入后，剩下的因子怎么特征值变了呢，是排除了WSC后重新计算的特征值吗，那么要入选这个是吗，入选以后再接着计算，下一个特征值额P值偏大到0.1，就不可以入选了是吗？这样子的话也就只有两个值啊。还是不用看P值，直接选特征值大的环境因子呢？
问题繁琐，希望能帮忙解答一下，实在是不明白的地方很多。
特征值.png
相关性.png
共同学习CCA分析.
1.所谓的p value，是统计学中的一个显著性检验的水平，一般认为p<0.05,即达到了显著性水平；当然也可以根据你的实验case自己定p水平的区间。
2.RDA的图，判断某个指标在某个排序轴的相关性大小是依据指标在其上的截距大小判定的，而不是所谓的夹角
3.建议先学习principal component analysis and correspondence analysis,在解析CCA。
您说的我看明白了，还有个问题，怎么解释物种信息和环境变量的关系，我知道一般是看物种与环境箭头的夹角也就是在环境变量方向上的截距对吧，那么环境变量的长短表示什么呢？
环境变量的长短是表示影响力大小吧，现在变量的量纲不是一致了吗？
恩，明白了，谢谢
我也遇到过同样的问题，建议下载一个更新包，地址为/forum/viewtopic.php?t=33738&highlight=canoco，希望对你有帮助。:)
你好，我也在自学这个软件，自己摸索很困难，身边也没有懂的人，想问下楼主你的问题解决了吗？可以教我下吗？蒙特卡洛检验是怎么做出来的？还有每个轴的p值是怎么做出来的？我做的RDA怎么没有这些东西？论文里面貌似都有出现？希望能帮我下。谢谢了
你好，我也在自学这个软件，自己摸索很困难，身边也没有懂的人，想问下楼主你的问题解决了吗？可以教我下吗？蒙特卡洛检验是怎么做出来的？还有每个轴的p值是怎么做出来的？我做的RDA怎么没有这些东西？论文里面貌似都有出现？希望能帮我下。谢谢了
你好&&问题解决了吗
你这个问题解决了吗？
您好，我想请教一下CANOCO软件里蒙特卡洛置换检验具体怎么做，怎么得到条件效应和P值？CCA图、log和sol文件怎么解释？非常感谢！
你好~~我在环境因子的选择上出现了跟您一样的问题 还望赐教~~
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canoco rda分析
基于CANOCO的数据统计分析 基于 的数据统计分析 Multivariate Analysis of ...对数据分析之前,先对物种数据进行DCA 分析,来选择RDA分析或者CCA分析。 先用...通过使用它,你 可以指定要分析的数据和排序模型,选择分析的 类型。 CANOCO for Window带有比较全面的排序方 法。核心部分是基于线性模型的PCA和RDA,基 于单峰的...利用Wcanolmp对excel 数据进行格式转换 选择合适模型进行排 序分析(CCA/RDA) 对物种数据进行DCA 分析,选择排序模型 输出结果并利用 Canoco出图 ...如何在CANOCO4.5中进行数据分析_计算机软件及应用_IT/计算机_专业资料。基于CANOCO...? 对数据分析之前,先对物种数据进行DCA 分析,来选择RDA分析或者CCA分析。 先...canoco软件使用实例-CCA 分析_计算机软件及应用_IT/计算机_专业资料。Canoco 软件...第三个选 择软件自带合适的处理方法(如 CCA 和 RDA 等) 。本文是选用 RDA ...Canoco 5 包含更多的距离度量方式 ( 包括 Bray-Curtis、 Gower 距离、 Jaccard 系数等11种典型 距离计算), 可以直接导入原始数据后进行PCoA和 db-RDA分析。附图...Canoco 5 包含更多的距离度量方式 ( 包括 Bray-Curtis、 Gower 距离、 Jaccard 系数等11种典型 距离计算), 可以直接导入原始数据后进行PCoA和 db-RDA分析。附图...约束性偏分析法(Partial methods of constrained ordination) partial RDA 、partial CCA 、partial DCCA 、partial CVA 四 软件模块界面介绍 Canoco for Windows ...常用的有冗余分 析(RDA)和典范对应分析(CCA)等排序技术。 5 基于 CANOCO 的生态学数据的多元统计分析 Jan Leps, Petr Smilauer 著 赖江山 编译 1.4 响应变量(...Canoco基本操作_计算机软件及应用_IT/计算机_专业资料。Canoco 基本操作 1、 打开...第三个选择软件自带合适的处理方法(如 CCA 和 RDA 等)。本文 是选用 CCA ...

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