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求助：如何用ImageJ分析免疫荧光图片（附免疫荧光图片）
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初学者，不慎明白，学习中。。。。。。
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好的很不错
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你好，请问AOI值在哪里算出来啊？具体过程是什么呀？多谢
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疑问：如果两张图片的背景强度不一样，怎么比较？怎么消除照片时背景颜色不同带来的影响？
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lone_king 1.test图为原图转成的8位灰度图，另存。2.test-1图为原图转成的反转图，另存。3.两图相减的操作步骤：imageJ --->Process--->Image Caculator,分别选灰度图和反转图，运算符选substact.希望喜欢ImageJ的战友们多多发掘它的威力呵，共同提高吧！ 您好 因为我需要软件分析细胞染色后的荧光强度 可是 我没有明白您的."test-1图为原图转成的反转图，另存。"如何去做 麻烦您了 着急 如何将图像反转
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请问楼主 为什么一定要用Invert
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lone_king 结果显示见第三行，分别为图片的像素面积（像素），图片平均光密度（光强度/像素），最小光强度值，最大光强度值。细胞的平均荧光强度计算应为：图片的像素面积（像素）*图片平均光密度（光强度/像素）/AOI像素面积（像素）有兴趣的话，可以分别用ImageJ和IPP分析，看看结果如何。如果在图片分析开始时已经将尺寸定标为毫米单位的话，结果就会以毫米单位来表示，完毕！希望多多指正不足之处！ 不是很明白，转换成光强度图之后下一步应该做什么？还有直接measure和测AOI，免疫荧光强度应该选用哪个？
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学习中，赞?
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标记一下，好讲解
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图片invert时候出现这种情况怎么解决啊？？求指点！！
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lone_king AIO为笔误，应为AOI, （area of interest）step 2 中，偶特别强调不要将整个图片的大小作为AIO的面积，否则计算出现错误!AOI像素面积结果见帖图所以细胞的平均荧光密度为：1048576(pixel^2)*1.221(光强度/pixel)/40496(pixel^2)＝31.61574光强度/pixel注意：本例从白至黑的光强度的数值表示方式为0－255，非传统的数值表示方式0－2.0！我想请教一下这个summary的结果是如何得到的呢？
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请问楼主有没有ImageJ2x 中文版教程？**！！！！万分感谢
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还是不懂，怎么办，是自己太笨了吗
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好帖，马克一下。
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有视频就更好了
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看了几遍，还是不明白~能再详细点嘛~
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lone_king老师能不能详细讲一下步骤呢 ？感觉很零散，连不起来，每行结果分别怎么得到的呢
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学习了，感谢分享
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那最后不就是mean就可以代表荧光强度了吗？
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在哪里看讲解？
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请问AOI值的具体步骤是什么
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关于丁香园使用Image J进行自动荧光定量分析(二) 细胞膜荧光定量方法
已有 13305 次阅读
|个人分类:|系统分类:|关键词:荧光定量分析
Quantificationof fluorescence intensity by ImageJ for HEK cell细胞膜区域荧光定量分析Wang H, Sugiyama Y, Hikima T, Sugano E, Tomita H, Takahashi T, Ishizuka T, and Yawo H. Molecular determinants differentiating photocurrent properties of two channelrhodopsins from chlamydomonas. J Biol Chem 284: , 2009.File ￫ Open ￫’.zvi’Choose the single plane with interested cell 选择最佳的单层图片Image ￫duplicate Range: X (number of the single plane) X为层数Uncheck the “duplicate stack”-&OKDraw a region of interest (ROI) around yourobject with one of the drawing tools (in the toolbar) 选择单个细胞Image ￫duplicate (this will only copy the ROI area)Image ￫duplicateImage￫Adjust ￫ Threshold￫ apply&&转换为二进制图Process-& Image Calculator-&Operation: AND -& OK (original image AND Binary image)取原图和二进制图同不为0的部分得出的新图Analyze ￫ Analyzeparticles &choose the binary image这一步可以得到索要测量区域的面积.only write down the Total area, this will calculator the black area Analyze ￫ Measure测量 这一部可以得到荧光强度值荧光强度=measure值/面积area&Add pseudo color to images 将单色图转换为16色图(基于荧光强度的不同)File ￫Open ￫Image ￫duplicateImage ￫Types ￫8 bits调节最佳对比度Image ￫Adjust￫ Brightness/contrast￫apply转换 Image ￫Lookuptables ￫16 colors &Plot of intensity values across the image观察不同细胞结构域荧光强弱的变化Analyze ￫ Plot profileSelect “live”reference:Wang H, Sugiyama Y, Hikima T, Sugano E, Tomita H, Takahashi T, Ishizuka T, and Yawo H. Molecular determinants differentiating photocurrent properties of two channelrhodopsins from chlamydomonas. J Biol Chem 284: , 2009.&
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【原创】应用ImageJ对荧光图片进行半定量分析&[精华]
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hellododo 楼主您好，您的教程很详细，按照您的教程measure出来的结果，为什么第二列intDEN总是0啊，，，我是tunel然的凋亡的片子，想计算某一视野下阳性细胞的个数，是不是也可以理解为计算选中区域的面积啊，我该如何操作呢，求帮忙~~~ 把图和你做的过程贴出来看看
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谢谢楼主的分享和解答！好东西一定要顶起来！正在学习中！
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楼主，您好！我没用过这个软件，但是现在改稿要求用这个软件分析得出微观运动的波动曲线（kymographs），不知道您用过软件的这个功能没有？如果可以的话，请您指教！谢谢您！！！
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jiayi024 楼主，您好！我没用过这个软件，但是现在改稿要求用这个软件分析得出微观运动的波动曲线（kymographs），不知道您用过软件的这个功能没有？如果可以的话，请您指教！谢谢您！！！ 不好意思，对这个不太了解，你可以看看它的原版说明有没有说这个，在官网有下载
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楼主，你好，谢谢你的教程，跟您请教一下，如何计算下图整个肠道中的荧光强度。依据你的方法，我在设定阈值不能把整个肠段选中，因有部分肠段中没有荧光。谢谢！
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杨柳吹风 楼主，你好，谢谢你的教程，跟您请教一下，如何计算下图整个肠道中的荧光强度。依据你的方法，我在设定阈值不能把整个肠段选中，因有部分肠段中没有荧光。谢谢！能不能再用另一种荧光的染料染肠道，然后再通过另一种荧光的面积来测定肠道的面积
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空山凝烨 前言 ImageJ是个好东西……（省略1000字）总地来说对我们的好处是：1、免费2、多功能，基本功能就很多，加上插件可以说得上是无限多（前提是你找得到，而且会用），真的没有的功能还能自己做个插件（一般我们倒是没这个闲功夫，基本好插件都是老外做出来的）3、分析处理的结果比较受到普遍承认这里是它的官网：官网有它的原版安装包及大量插件、用户手册下载正题1、安装后首先打开ImageJ：2、打开要分析图片：File>open（热键为Ctrl+O）3、转换成8bit的灰度图：Image>Type>8-bit4、黑白反转（因为对于光密度（OD）来说越白数值越小，纯白为0；越黑数值越大，纯黑理论上是无限大。因此我们需要将上一步所转换的灰度图进行黑白反转，不然的话测出来的数值就会荧光越亮反而数值越小）：Edit>Invert（热键为Ctrl+Shift+I）以下为从左到右分别为原图、8bit灰度图及反转后的图：5、校正光密度（软件默认为测量灰度，因此我们要改为更加适用的光密度，其中原理不是一两句话能说得清的，这里忽略）：Analyze>Calibrate
在弹出来的界面的Function选择Uncalibrated OD，并下界面左下方勾选Global calibration，然后点击右下角的OK点击OK后会跳出校正后的光密度曲线：如不勾选Global calibration，光密度的校正只对这张图片有效，一般分析都要分析多张图片，所以需要勾选，勾选后在打开另一图片时会提示是否将此校正应用于所有图片，不勾选Disable Global Calibration，勾选Disable these Messages6、选择测量单位（一般选择象素，如有明确的比例，也可以选择相应单位）：Analyze>Set scale 点击后在弹出的界面里点击中间的click to Remove Scale，并勾选下面的Global（同样的，如不选Global这个测量单位的选择只对这张图片有效），最后点击OK7、选择测量项目：Analyze>Set Measurements在弹出界面中选择我们需要测量的项目Area、Integrated density，并勾选下面的Limit to threshold（这个选项是指只测量我们选中的范围，如不勾选侧会测量整张图片数据），选择后点击OK8、选择测量域值：Image>Adjust>Threshold（热键为Ctrl+Shift+T） 滑动弹出界面中间的滑块选择适合的域值，以使的你图片中的细胞或待测目标刚好全部被选中，选好之后点击右下角的Set在弹出来的界面点击OK9、测量：Analyze>Measure（热键为Ctrl+M或直接按M）10、记录数据并计算：结果中的Area为选择范围的面积，如果是测量的是细胞的话就是细胞在图中的面积；IntDen就是所选范围的IOD（光密度的总和）。结果界面中的数据可以复制到Excel等软件中进行计算。用IntDen的数值除以Area的数值得出来的就是这张图片中细胞的平均光密度，以这张图片的数据为例，即：=0.（/pixel）同法测量多张图的平均光密度值后就可以进行半定量比较。以下附上分别应用Image-Pro Plus及ImageJ对五张图片进行分析的结果对比：从结果的对比看来ImageJ与IPP（Image-Pro Plus）的分析结果是基本一致的 楼主 按照你的方法算出来之后
后面两项数据都为零呢？
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杨柳吹风 楼主，你好，谢谢你的教程，跟您请教一下，如何计算下图整个肠道中的荧光强度。依据你的方法，我在设定阈值不能把整个肠段选中，因有部分肠段中没有荧光。谢谢！拍摄照片的时候让背景与肠管有一定的反差，就可以另外选择出肠管的轮廓了。要特别注意的是，背景越干净越均匀越好。
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jiayi024 楼主，您好！我没用过这个软件，但是现在改稿要求用这个软件分析得出微观运动的波动曲线（kymographs），不知道您用过软件的这个功能没有？如果可以的话，请您指教！谢谢您！！！ 似乎可以的。但需要看到图片才能确定。
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请问楼主细胞免疫荧光"平均荧光强度"IntDen/Area?还是IntDen/所选区域的细胞个数？谢谢
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丁香园准中级站友
snoopycell 请问楼主细胞免疫荧光"平均荧光强度"IntDen/Area?还是IntDen/所选区域的细胞个数？谢谢 个人觉得应该是面积，因为你的细胞大小可能不同当然，如果你的细胞大小是非常一致的话，应该用细胞数也行
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谢谢你，最近在做免疫分析定量，刚接触到imagej，感谢你的详细介绍，非常有用。我按着你的步骤一步步操作，可是为什么结果 intDen的值为零。附图中的整个绿色荧光区域为一个细胞核，是anti－histone antibody的信号。 我想对比不同细胞系内的荧光强度。可是为什么结果 intDen的值为零，请不吝赐教，谢谢。
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丁香园准中级站友
liuhua2008 谢谢你，最近在做免疫分析定量，刚接触到imagej，感谢你的详细介绍，非常有用。我按着你的步骤一步步操作，可是为什么结果 intDen的值为零。附图中的整个绿色荧光区域为一个细胞核，是anti－histone antibody的信号。 我想对比不同细胞系内的荧光强度。可是为什么结果 intDen的值为零，请不吝赐教，谢谢。把你的操作步骤一步步发上来看看
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谢谢你的回复。我刚把每一步视频都切下来，后来发现你的文件里threshold之后没有变成黑色（我点击apply之后变为黑色），就试了试不点apply，发现intDen的数值有了。还是不安步骤来的原因吧。对不起楼主老师了。估计这样可以了，做完了再跟您讨教。 不过我想请教一下，Analyze-Analyze particles 跟Measure有什么区别，或者Analyze particles的作用是什么？我的实验是想定量或半定量一个细胞核内多个荧光信号点，然后比较不同细胞系的情况。用Measure可以吧？对不起，我的语言有点混乱，哈哈，见谅。
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终于找到了方法，灰常感谢楼主哈！！
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楼主你好，使用过程中突然想到一个问题，在用区域圈选的工具时，得出的area到底是圈选的整个区域面积还是圈选区域里面位于阈值上的（红色部分）的面积呢？多谢！
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楼主，你好，非常感谢您的分享。有几个问题想请教：1. 步骤上说的滑动滑块选中区域，这个地方不是很明白到底是什么意思。我滑动了滑块，没发现有选中的区域啊。2.我在另外一个地方看到一个帖子，操作如下：
a| 打开Image J软件，|b| 在此软件里打开一个免疫组化或荧光显微镜的照片，|c| 将图片类型改为灰度（32-bit），|d| 调出ROI工具 Analyze → Tools → ROI manager，|e| 将要分析的区域选中，加入到ROI （Add），|f| 如有多个区域，可重复e，|g| 点击Measure即可测得具体数值。 按照这个步骤我也能测量结果，但是不知这种方法对否？
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楼主您好 非常感谢您分享的教程 可是有些部分不是很清楚 麻烦您能给予回答 谢谢1.就是我在调阈值的时候 发现不同的上下限得到的结果不同 选中的红色区域具有主观性 明明看到的两张图荧光有差别 可是计算后发现结果相反2.之前您回答过的帖子说 两张图的分辨率不同 这个怎么看出来的啊 附两张图帮忙看看
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感谢楼主！对于红绿荧光产生的黄色荧光强度可以用你的这种方法直接分析吗？就是不需要用分析红或者绿色荧光强度。
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你好，我现在也是遇到你那个问题，荧光小的算出来反而大，请问你是怎么解决的呢？请不惜赐教，多谢多谢了！
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最近从文献上查到有对毛细血管的密度进行测量并统计分析的，不知道能不能用Image J做呢？
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桃之妖 编辑于
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楼主你好：如下两幅图，其实阳性细胞比率基本无差，但表达量明显不同，我想通过荧光强度表达差异。按你的方法计算时，怎样将两张核染的片子（蓝色）强度进行校正呢？最后比较差异时，是比较（红色荧光强度/蓝色荧光强度）相对值的差异吗？谢谢！
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非常感谢楼主的分享。但有问题想问问：我用共聚焦拍了几百张细胞荧光图片，是同一个视野下的，现想对每张图片进行定量，做出荧光强度随时间的变化趋势图。想问楼主的是在滑动滑块选阈值时，是否是在分析每张图片时要保持阈值一致？
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不错，学习了。真棒的材料。
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多谢楼主分享宝贵经验
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非常感谢楼主的分享~我也有一个关于核转位的问题想请教：就是细胞核内荧光强度/细胞质内荧光强度（途中圆圈内是细胞核，外面伸出伪足的是细胞质），要怎样比较细胞核内和细胞质内荧光强度的比值呢？PS：如果先单独圈出细胞核（图中红色实线内部），然后可以测荧光强度；然后怎样测在细胞质内并且在细胞核外那一部分的荧光强度呢（图中黑色虚线之间）？
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非常感谢楼主的分享，我想问下，如果做真菌感染细胞的半定量比较，是用Area、Density，还是两者的乘积来统计呢。现在正在困惑，希望能从这里得到解答。谢谢！
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空山凝烨老师，以上附上的是一篇文献的部分内容，用的是激光共聚焦的图片，ImageJ软件进行分析，然后半定量作图。麻烦请教个问题，我做的蛋白主要表达在细胞核里。在阈值设定时AOI无法精细到细胞核的部位。请问该如何操作，才能测定细胞核里面的荧光强度呢？请多多赐教！
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请教请教！！CD31荧光免疫组化图片，怎么测血管密度啊
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【求助】如何用ImageJ2x分析荧光强度
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这个帖子发布于4年零75天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
有一个荧光图片，要用ImageJ2x这个软件定量分析荧光值，以前没接触过这个软件，求详细的操作步骤。
不知道邀请谁？试试他们
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在网上看了很多教程，但是感觉都没有测荧光强度值的，希望有详细的步骤，如何调整图片之类的都要，因为以前没有接触够这个软件，第一次用，求大神详解！
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最好把图像放上来，顺便问一下，ImageJ有2X版本吗？我看到.nih.gov/ij/download.html上最新的还是1.47版本的。
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Vimage新推出的荧光模块已经面世，该模块将免费配广州微著的CCD相机。功能如下：1. 荧光合成2. 控制荧光位移3. 提供157种染料，进行颜色渲染，伪彩4. 照的图片，用鼠标指到图片上某一位置，软件能显示该点荧光的相对强度值5. 通过电脑的RS232串口控制步进电机转动，有一个机械零点位置（比如对应1号位，光电开关判断），然后可以通过界面选择6个位置中的任何一个位置，让步进电机走到该选定的位置。每次开机，自动回到机械零位。6. 当步进电机走到选定位置后，通过软件控制相机拍照，并把拍摄的图片存储下来。目前，除了荧光功能，Vimage还推出了景深拓展，自动对焦，图片拼接等功能，新的功能也在不断添加过程中。如果您有需要这些功能，或者其他功能，请直接联系我，.谢谢！可以提供相关荧光视频。更多视频，请直接联系我们，谢谢！
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恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
可以问一下步骤吗
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违规侵权、站友争执
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请问楼主最后有没有找到ImageJ2x教程，可以发给我一份吗？万分感谢
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有使用教程吗？
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