用什么软件分析荧光定量pcr结果分析

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Bio-Rad iQ5 V2.1.97荧光定量PCR分析软件
Bio-Rad&iQ5是一款非常专业的用于荧光定量和简单数据分析的软件,官方原版安装后即可使用,不需要注册,各位需要学习和进行荧光定量和简单数据分析的可自行下载学习。安装说明:如果无法安装,请先安装压缩包内附的dotnetfx.exe(Microsoft.NETFramework1.1)框架。
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&&&&& 荧光定量PCR的基本原理就是在PCR扩增过程中,随着PCR循环数的递增,PCR产物不断积累,荧光信号也会相应的增加,这样就可以通过荧光强度的变化来对PCR反应进行实时的监测。本公司根据您的科研需求可以提供SYBR Green染料法和TaqMan探针法。通过对DNA或RNA的荧光定量PCR监测, 实现基因的相对定量、绝对定量和定性分析。
图1:荧光定量PCR扩增曲线
与RT-PCR相比,荧光定量PCR具有以下技术优势
1.实时监测:通过扩增曲线能够实时监测PCR产物的积累。
2.特异性强:实验完成后,溶解曲线的分析可以验证扩增产物的特异性,降低假阳性。
3.精确定量:利用扩增进入指数增长期的CT值来定量测定起始模板量,从而实现了极为精确的核酸定量检测。
图2:荧光定量PCR溶解曲线
RNA抽提与定量;引物设计及荧光定量PCR;数据分析;实验报告提交。
1.技术咨询:在您开始实验之前,本公司将为竭诚您提供最有效的荧光定量PCR实验设计方案。
2.由于荧光定量PCR可以检测任何类型样本中基因的表达量,如组织、细胞、细菌等材料。因此本公司接受任何类型的样本,对于不同的样本需要的量有所不同,具体需要量请咨询本公司,
3.不推荐提供,除非您能充分证明所提供RNA/cDNA是高质量的且可用于荧光定量PCR。
4.客户提供尽可能详细的背景信息;物种信息,扩增目的基因的NCBI登录号等。
5.客户可以提供荧光定量PCR引物,如果没有引物,本公司可以设计合成,但要另外收取费用。
6.运输要求,液氮或干冰保存寄送,广州本地客户可上门收样。
注:样本应避免各类污染和反复冻融。
实验报告内容
1.RNA浓度及荧光定量PCR原始数据及分析结果;
2.荧光定量PCR完整的实验步骤、使用仪器、软件设置参数等。
实验周期及收费标准:咨询本公司
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│实验服务│││││
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如何利用RG3000和MX3000P两款荧光定量pcr仪进行相对定量数据分析
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(1)分页:将不同的引物(基因)分在不同的页;(2)将来自相同模板的名字一样,可以定义为1234...;例如:P1(引物)P2P3P4WT:calibratorActin(1)A(1)B(1)C(1)MT1:unknown1Actin(2)A(2)B(2)C(2)MT2:unknown2Actin(3)A(3)B(3)C(3) 说明:(1)P1:引物1,扩增相同的基因;(2)WT:calibrator 对照组样本,例如:野生型WT(Wild type);(3)MT:unknown 未知组样本或处理组样本或待测组样本,例如突变型MT(Mutant type).数据分析时,选用Quantation 直接出原始图;选用2-△△Ct方法,然后根据提示选择:Analysis - Others - Delta Delta CT Relative Quatatition - validation performed、Gene Interest Quantitation 、Normalizer Quantitation 和Calibrator Defined 出相对定量柱状图;选择2 Standard Curves Relative Quantitation ,然后根据提示选择:Gene Interest StandardCurve、Normalizer Stard Curve和Calibrator Defined 出相对定量柱状图.2、MX3000P荧光定量PCR仪:软件:MxPro根据样本来源和待扩增基因分类如下:Assoc.symbolSample:样本来源NormalizerGene of InterestGene of InterestAWT(Calibrator对照组)ActinGene1Gene2BMT1 (unknown1待测组)ActinGene1Gene2CMT2 (unknown2待测组)ActinGene1Gene2DMT3 (unknown3待测组)ActinGene1Gene2EMT4 (unknown4待测组)ActinGene1Gene2操作步骤:进入软件主页 --- 选择“comparative quantitation” --- well type 选择(Calibrator:如WT;Unknown:如MT)--- 选择:sybr / reference:rox --- 选择Normalizeing assay(看家/内参基因组) --- 然后将选择Assoc.symbol将相同样本来源的样品孔绑定起来;扩增程序设计;结果分析:选定Calibrator 和 Unknown组的内参基因和感兴趣基因,结果分析即可得到柱状图.
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扫描下载二维码66被浏览3775分享邀请回答//qrt-pcr/实时荧光定量PCR(qRT-PCR)是分子实验室家喻户晓的基因表达定量技术。无论是刚入实验室的菜鸟,还是久经沙场的老手,都需要时不时用一下这个高大上的技术来进行转基因的检测、突变体的鉴定、组织表达的定量或标记基因的表达。对于大多数老手而言,qRT-PCR不过是配一板PCR体系丢到机器里去,静等两个小时结果出来的一个小实验。然而对于刚进实验室不久的生物小白们,花了两周时间从各大平台和课本中好不容易掌握了SYBR Green的发光原理、Ct值的定义、甚至可以根据ΔΔCt公式手算定量结果,真正开展实验时,却发现自己面对的唯有一机器、一酶、一PCR板、一移液枪而已。所以说,qRT-PCR的体系究竟要怎么配置?和普通的PCR有何区别?如何选择合适的酶?如何加样才能避免污染?怎么配体系才能做到“三线合一”?配完体系后有又如何进行程序及参数设定?你是不是掌握了qRT-PCR所有原理但操作起来还是无从下手?如果你并不知道这些实验干货,赶紧搬好小板凳,拿出记录本,这篇文章就是为你而准备的。qRT-PCR的引物设计注意事项qRT-PCR有自己的引物标准,简单而言,引物设计要用专门的软件,包括内参基因与目的基因在内的所有引物Tm值不应相差两度。扩增片段的长度以200-300 bp为宜。除此之外,还需要注意以下法则:1)用于突变体的基因表达量鉴定时,引物最好设在两个外显子之间,横跨中间的内含子,这样可以避免DNA的污染;2)用于过表达基因表达量时,需找出该家族所有同源基因并进行比对,并在保守性最差的区域设计引物;3)用于标记基因检测的引物序列最好来自发表的文献。除此之外,内参基因的选择也需要稍微走下心。以模式植物拟南芥为例,常用的内参基因Actin2和Actin7虽然在营养组织有稳定的高表达,但在花粉、胚胎及种子部位几乎无表达。因此如果进行组织特异性表达测定时我们应该选择28S,而不是Actin2或Actin7。当然,这些内参基因的引物序列也最好引用自发表的文献。最后值得注意的是,引物用完后需放入-20℃保存。尽量避免反复冻融,如果多次使用可在第一次溶解好后进行分装。如果在实验过程中出现以前能扩增的基因扩不出的现象,多半是引物降解或部分降解导致的。在实验期间引物解冻后需用涡旋混匀,离心待用。qRT-PCR的模版需求通常而言,如果你想做一个突变体鉴定实验,那么模版质量要求可适当放宽,只要cRNA反转录成功即可。但如果你要做一个厉害的标记基因鉴定,并且想要达到传说中“三线合一”的境界,那么模版质量就另当别论了。首先,RNA要经过严格的定量(因为反转成cDNA后,反转时加入的dNTP会严重干扰定量结果,因此对cDNA定量是没有意义的)。尽量取等量的、未降解的RNA进行反转录(并选择含有DNAase的试剂盒)。反转好的cDNA模版需一次性稀释20-30倍,不可长期保存,每次用时前先混匀再离心。qRT-PCR实验最好在一个星期内完成。qRT-PCR中SYBR Green酶的选择工欲善其事,必先利其器。高质量的酶是保证高质量结果的前提。现在市售的酶多为2 X MIX的形式。在市售酶的选用方面,我们首先应该选择稳定、扩增效率高的酶,其次还应注意解冻后的MIX粘性不宜过大(粘性过大的MIX会导致加样时枪头出现挂液),最后应注意同一板qRT-PCR体系不宜用两管MIX,即加完一管发现不够用,继续开一管新的MIX接着加。正确的做法应为先估算总体系,将两管MIX预先加到一起,混匀后离心,用混匀的MIX配置体系。qRT-PCR中体系的配置qRT-PCR要求对每个样品做三个平行体系。一般来说,每个最终的反应体系为10μl(然而试剂盒上推荐的体系为25 μl,但这样既浪费酶,用中号枪头加样还降低了重复性)。最好用10 μl小号进口枪头加入。配体系时,一般先将水、MIX及引物混成3倍体积的总体系(此时应给每管留1.5ul的损耗,另外有些仪器还要求加入适量Passive Reference Dye用于标定仪器),再用排枪分装入qRT-PCR板。模版要在最后,最后,最后用排枪加入(稀释20-30倍后,模版可加至1 μl以上,大大提高了可重复性)。最后附一些实用的qRT-PCR体系配置技巧:1)在冰上配置体系;2)所有的枪头和PCR板都用进口的;3)尽量用排枪进行平行操作,尽量用同一枪头完成样品分装;4)模版加在管壁上,这样在不换枪头的前提下可有效避免样品污染,最后用96孔板离心机离心。qRT-PCR程序的设置目前市面上有许多进口或国产的qRT-PCR仪器,关于这些仪器的参数设置,我们可以请教师兄师姐或拨打公司的服务热线。而反应程序的设置,则需要参考购买的SYBR Green酶的说明书。值得注意的是,虽然说明书中大多数SYBR Green酶的扩增效率都显得牛逼闪闪(如三步法时循环部分的程序为95℃ 30s,50-60℃ 5s,72℃ 15s),但倘若扩增效果不尽人意,适当延长退火及扩增时间也许会大有帮助哦。好了,有了这么多qRT-PCR体系的配置技巧,小伙伴们只要做到不染风尘、心无旁骛、人枪合一,稍加练习后,配制高质量的qRT-PCR体系必将不在话下。201 条评论分享收藏感谢收起

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